马达加斯加目前共有123个保护区，总面积为7,612,346公顷（76,123.46km²），占全国总面积的约10.86%。其中，包括101个陆地保护区和22个海洋保护区。陆地保护区的面积为6,233,317公顷，占国家陆地面积的10.8%；海洋和潮间带保护区的面积为1,379,029公顷，占沿海海域面积的11.8%。此外，马达加斯加还有6,886,931公顷的重点保护区，占全国面积的24%。

这些保护区涵盖了多样的生态系统，包括森林（雨林、干旱森林、多刺森林）、湿地、大草原、以及沿海海域、珊瑚礁、红树林和相关渔区。陆地保护区通常由当地管理的“绿化带”所包围，海洋保护区则与当地管理的海洋区域（Locally Managed Marine Areas，LMMA）相连接或接壤。

在这些保护区中，马达加斯加国家公园（Madagascar National Park, MNP）是管理数量最多、面积最大的机构，负责管理41个保护区，总面积25,176.51km²。MNP隶属于马达加斯加环境与可持续发展部（Ministère de l’Environnement, duDéveloppement Durable）。此外，马达加斯加的保护区体系还包括国家公园、自然保护区、特别保护区、综合自然保护区和资源自然保护区，这些区域根据其保护完整性和用途被划分为国际自然保护联盟（IUCN）的六个类别。马达加斯加的保护区管理由政府机构和非政府组织（NGO）共同负责，尤其是马达加斯加国家公园和各类民间保护组织的积极参与，形成了多层次、广覆盖的保护网络。