1) 非洲生物多样性保护与利用分中心

　　主要职能包括：非洲生物多样性现状考察、区域性植物志编研、关键动植物、微生物等类群的多样性格局形成机制的研究；与非方合作机构共同建立生物资源开发、利用和保护的生态安全评估，并建立非洲生物资源共享信息平台。负责中国对非科技合作相关领域的技术人员、非方科技人员的培训。

　　2) 非洲生态环境与水管理研究分中心

　　主要职能包括：与非方合作机构全面调查非洲水资源分布现状，评价水资源承载力以及水资源安全，全面分析非洲不同环境介质和生物体中毒害有机污染物的时空分布规律，评价其对人体健康和生物多样性的影响，正确认识和评估非洲典型区域生态环境健康状况，研究生态环境治理与水资源改善关键技术体系，协助遥感分中心构建非洲生态环境遥感监测运行系统基础平台和非洲主要国家水资源、生态环境变化预警系统。负责中国对非科技合作相关领域的技术人员、非方科技人员的培训。

　　3) 非洲地理科学与遥感信息分析分中心

　　主要职能包括：与非方合作机构一起，调查研究非洲水土资源利用格局、评价非洲不同类型生态系统特征，提出相应的管理对策与措施；建立基于遥感数据的生态系统类型、分布和特征、功能数据的自然灾害预警系统，编制完成非洲生态功能区划图和生态环境综合区划图，为非洲政府机构提供信息数据与决策依据。负责中国对非科技合作相关领域的技术人员、非方科技人员的培训。

　　4) 非洲微生物及流行病控制研究分中心

　　主要职能包括：通过与非方合作单位对关键传染性疾病的流行病学、病理学研究以及重要微生物基本特征的共同研究，制定非洲地区重要传染病的流行病控制治理策略，建成非洲流行病监测与预警信息平台。负责中国对非科技合作相关领域的技术人员、非方科技人员的培训。

　　5) 现代农业技术集成与示范分中心

　　主要职能包括：以新型农作物和经济作物为重点，以农田地力提升与节水灌溉栽培为落脚点，进行新品种及配套栽培技术的示范，提高非洲国家的粮食安全保障能力、促进农林经济的发展；同时，开展荒漠化防治技术集成与示范研究。构建非洲生态产业及区域可持续发展模式，建设非洲荒漠化等主要自然灾害监测与评估系统。负责中国对非科技合作相关领域的技术人员、非方科技人员的培训。