盔珠鸡(Numida meleagris)属于鸡形目(Galliformes)珠鸡科(Numididae），是非洲特有的鸟类。与珠鸡科的其他物种相比，盔珠鸡头上没有羽毛和鸡冠，但是有一个与颅骨相连的骨质盔。相比于家鸡，盔珠鸡全身羽毛中间都覆盖有细小白点(图1)，在畜禽领域常被称为珍珠鸡(guinea fowl)。目前，珍珠鸡在世界范围内尤其是发展中国家里被广泛养殖，是一种重要的动物蛋白质来源。

图1 非洲乡村的家养珍珠鸡                           图2 古罗马时期的珍珠鸡镶嵌画

历史上，珍珠鸡在家鸡传播引进之前一直是非洲和欧洲最为重要的家禽之一(图2)。然而，珍珠鸡在非洲的驯化历史一直存在争议。达尔文在《动物和植物在家养下的变异》一书中提出珍珠鸡在东非驯化。但基于考古学的证据则支持西非驯化。同时，相较于鸡鸭鹅等家禽，珍珠鸡的遗传学数据十分匮乏，这严重阻碍了育种改良工作。为此，中国科学院中-非联合研究中心核心参建单位中科院昆明动物研究所研究团队，联合国内外研究力量，系统开展了珍珠鸡的种质资源收集工作。研究团队运用多种基因组学手段，构建了一个染色体级别的家养珍珠鸡参考基因组(HGFv1)在此基础上，进一步对珍珠鸡的驯化历史、遗传多样性、群体结构和育种标记进行了深入解析(图3)。

图3 珍珠鸡群体的样本分布和系统发生树

基于对非洲野生和家养珍珠鸡群体的系统比较，分析结果支持珍珠鸡在距今约5,500 – 1,300年前驯化于非洲西部地区(图4)，并鉴定了一些在驯化过程中影响行为和运动能力的关键基因。通过对意大利家养品种的分析，研究人员将珍珠鸡白色羽毛性状遗传定位到酪氨酸酶基因(TYR)的非同义突变p.Trp218Gly，并揭示了与其连锁的多效性(pleiotropy)现象(图5)。相关数据和结果为进一步研究珍珠鸡的遗传演化和育种改良提供了重要的遗传资源和有益参考。

图4 珍珠鸡的驯化历史模型重建                          图5 珍珠鸡白羽性状的遗传定位

研究成果以“Genomic analyses unveil helmeted guinea fowl (Numida meleagris) domestication in West Africa”为题，发表在国际进化生物学期刊《Genome Biology and Evolution》上。中国科学院昆明动物研究所博士生沈全宽、彭旻晟博士、Adeniyi C. Adeola博士和美国哈佛大学医学院奎玲博士为共同第一作者；中国科学院昆明动物研究所张亚平研究员、肯尼亚肯尼亚乔莫·肯雅塔农业科技大学Sheila C. Ommeh研究员、云南农业大学董扬教授和伊朗克尔曼沙希德·巴霍纳尔大学Ali Esmailizadeh教授为共同通讯作者。研究工作得到中国科学院中-非联合研究中心研究项目、“西部青年学者”项目(A类)、国际人才计划项目、云南省科技厅项目以及中国西南野生生物种质资源库(动物种质资源库)的支持。

论文链接：https://academic.oup.com/gbe/article/13/6/evab090/6261762