中-非联合研究中心(中-非中心)与埃塞俄比亚生物多样性研究所（Ethiopian Biodiversity Institute - EBI）开展合作研究，利用Illumina测序技术对埃塞俄比亚生物多样性研究所Choche种质库中的90份咖啡种质材料进行了基因组重测序,得到了974万SNP和134万InDel。同时利用全基因组SNP标记进行系统发育分析，分析发现这些咖啡种质聚为四个主要大的分支，每个大的分支中包含若干小的分支，其聚类方式与种质资源的地理来源高度关联；本研究中发现的SNPs可能与咖啡中咖啡因含量、产量、疾病和害虫等重要农艺性状的重要基因通路的变异有关，可能是宝贵的新等位基因变异来源，可以被利用来推进咖啡基因组研究和种质改良。

该研究成果以“Whole-genome resequencing of Coffea arabica L. (Rubiaceae) genotypes identify SNP and unravels distinct groups showing a strong geographical pattern” 为题发表在国际植物学期刊BMC Plant Biology上。中-非中心招收的埃塞俄比亚籍博士研究生Yeshitila Mekbib为论文第一作者，中-非中心王青锋研究员和胡光万研究员共为通讯作者。研究工作得到湖北省重点研发计划（2020BHB022）、国家自然科学基金（31961143026,31970211）、中国科学院国际合作计划（151853KYSB20190027）以及中国科学院中-非联合研究中心项目（SAJC202101）的支持。

                                                        图1：小粒咖啡（Coffea arabica L.）基因组不同区域SNP分布情况

                                                     图2：小粒咖啡（Coffea arabica L.）基因组中检测到的过渡和反转SNPs

                                                       图:3：小粒咖啡（Coffea arabica L.）种质资源的系统发育图

论文链接：https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12870-022-03449-4.pdf