家牛在非洲经济生产和社会文化中扮演着极其重要的角色。家牛驯化后，其中的普通牛（黄牛；Bos taurus taurus）和瘤牛（B. t. indicus）分别大约在7000 – 4000年前和4000 – 2000年由人类引入非洲，并最终扩散遍布非洲各地。不同地区的牛群经过长期的饲养和杂交，逐渐形成了众多地方品种，表现出丰富的表型多样性。相比后期引入的商业品种，非洲地方家牛在应对非洲当地环境（高温、潮湿、寄生虫、病原感染等）威胁时表现出卓越的适应性，成为研究家牛抗病抗逆性状的宝贵遗传资源。

　　

图1. 本研究中尼日利亚家牛群体样本分布图

研究结果表明尼日利亚家牛群体相较已报道的非洲家牛群体表现出独特的遗传组分，且群体之间具有较高的遗传同质性（图2）。对群体基因组的选择信号分析显示在尼日利亚家牛基因组中检测到与锥虫、蜱虫、疟原虫疾病的抗性相关基因（例如：IL12A、IL4、LAMA4、MYD88、SPAST、BOLA）以及与高温耐受相关基因（例如：KITLG、KIT）受到了正选择（图3）。有意思的是，两个与疟疾相关的基因SPRY2和ITGB1BP1同时在非洲人群、家犬和家牛群体中都受到选择作用，提示人类和家养动物对非洲热带疾病抗性表现出趋同进化模式。这些结果有望推动对尼日利亚家牛这一独特遗传资源的多样性评估管理与发掘利用。

图2. 尼日利亚家牛群体的遗传背景分析

图3. 尼日利亚家牛群体基因组中的选择信号检测

该研究成果以“Genome-wide investigations reveal the population structure and selection signatures of Nigerian cattle adaptation in the sub-Saharan tropics” 为题发表在BMC Genomics。中科院昆明动物研究所坦桑尼亚籍博士研究生David H. Mauki（已毕业）为论文第一作者；中科院昆明动物研究所Adeniyi C. Adeola助理研究员和张亚平研究员为共同通讯作者。研究工作得到中国科学院中-非联合研究中心研究项目、国际人才计划项目以及中国西南野生生物种质资源库（动物种质资源库）的支持。

论文链接：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08512-w