啮齿动物、鼩鼱等小型兽类分布广泛，种类丰富，也是多种新发再发传染病病原体的自然宿主。非洲是啮齿动物传播的新发病毒性传染病暴发的热点地区。例如，由鼠类传播的拉沙病毒可引起致死性的严重疾病，在尼日利亚等西非国家长期流行。
在全球疫情之前，猴痘疫情主要在中非、西非等一些国家暴发，而当地的啮齿动物则是猴痘病毒主要的动物宿主之一。肯尼亚拥有丰富多样的动物资源。受到城镇化、农业扩张、气候变化等多重因素的影响，肯尼亚小型兽类与人类之间的接触范围正在扩大，导致病毒从这些动物跨种传播到人类的风险上升。有必要针对潜在的疫源动物开展主动性的病原监测。然而，目前有关肯尼亚小型兽类携带病毒的了解仍然很有限，前期对非洲国家啮齿类等小型兽类的病原监测研究也主要集中于RNA病毒，而对DNA病毒的调查鲜有报道。在中-非联合研究中心合作框架下，中国科学院武汉病毒研究所与肯尼亚国家博物馆、肯尼亚野生动物保护局、乔莫肯雅塔农业技术大学等单位合作，开展了肯尼亚小型兽类DNA病毒的发现与鉴定研究。
图1 在肯尼亚进行小型兽类DNA病毒监测采样的5个郡县
图2 α-多瘤病毒属和β-多瘤病毒属成员的系统发育分析
研究团队在肯尼亚的Kajiado、Kilifi、内罗毕、纳库鲁和Trans Nzoia等5个郡县采集了232只啮齿动物、鼩鼱和刺猬等小型兽类组织样本，使用针对各个病毒科的通用PCR检测方法，进行了7个DNA病毒科的病毒核酸检测，发现了遗传多样的新型病毒，分别属于腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒和多瘤病毒等4个DNA病毒科。这些病毒中的大多数和相同的科或属种已报道的其它病毒具有明显的差异，在遗传演化上形成了多个新的分支。该研究首次报道了草鼠属（Lemnyscomys）的啮齿动物携带的多瘤病毒，并对一株在条纹草鼠中发现的新型多瘤病毒(LsPyV KY187)进行了全长基因组鉴定。在已报道的多瘤病毒中，该病毒和睡鼠1型多瘤病毒及北美灰松鼠1型多瘤病毒具有最近的进化关系，但大T抗原蛋白和小T抗原蛋白的相似度均低于60%。按照国际病毒分类委员会的规定，该研究在肯尼亚鼠类中发现的这种多瘤病毒属于β-多瘤病毒属的一个新种。
图3 肯尼亚新发现的条纹草鼠多瘤病毒（LsPyV）KY187株的全长基因组结构
该研究拓展了对肯尼亚野生小型兽类携带病毒遗传多样性的认识，为了解相关的几类DNA病毒的宿主范围、生态分布和在哺乳动物宿主中的遗传演化规律提供了新信息。研究结果表明有必要在东非地区对啮齿类传播病毒开展持续性的病原监测，并进一步解析所发现的新型病毒的传播与致病风险。该研究成果以“Discovery of novel DNA viruses in small mammals from Kenya”为题发表在病毒学国际期刊《Virologica Sinica》（IF=6.947）上。中-非中心招收的肯尼亚籍硕士研究生Griphin Ochieng Ochola为论文第一作者。中国科学院武汉病毒研究所胡犇副研究员、肯尼亚国家博物馆Bernard Agwanda研究员为共同通讯作者。研究工作得到中国科学院中-非联合研究中心项目（SAJC201605、151542KYSB20200010）、国家科技重大专项（2018ZX10101004-001-002）的支持。
论文链接：https://doi.org/10.1016/j.virs.2022.06.001
