中心概况-中国科学院中-非联合研究中心

中-非中心科研团队在非洲猪瘟病毒基因组研究中取得进展

作者：来源：发布日期：2023-08-09

非洲猪瘟（African swine fever, ASF）是一种由非洲猪瘟病毒（ASFV）引起的，发生在家猪（Sus scrofa domestica）和野猪（S. scrofa）的传染病，对全球养猪业构成了巨大威胁。

目前针对ASFV没有有效的疫苗和治疗方案，对ASFV的监测和检测是非洲猪瘟防控关键。对ASFV的基因组测序和分析不仅可以追溯ASFV的进化历史和传播过程，还能为鉴定影响毒力的功能基因以及研发疫苗提供关键遗传信息。

中-非中心昆明动物研究所团队联合尼日利亚国家兽医研究所，从2016年调查采集的150只尼日利亚本地家猪耳样中筛选到两例ASFV核酸阳性样品，但病毒核酸丰度较低。研究团队开发基于液相探针杂交的目标捕获测序技术（图1），优化了混合组装策略，成功组装出了两个近乎完整的尼日利亚ASFV基因组。

图1：非洲猪瘟病毒基因组液相探针杂交捕获测序

系统发育分析的结果显示，尼日利亚ASFV属于基因型I，与贝宁Benin97/1毒株关系最为密切（图2）。分歧时间估算结果显示，尼日利亚ASFV与贝宁Bennin97/1分歧时间约为22.7年前，与意大利毒株分歧时间约为40.8年前（图2）。本研究为从陈旧和降解生物样本中获取ASFV基因组序列提供了新的方法，为开展ASFV的持续监测提供了技术支撑。

图2：尼日利亚非洲猪瘟病毒基因组系统发育分析和分歧时间估算

研究结果以“Target capture sequencing for the first Nigerian genotype I ASFV genome”为题发表于国际学术期刊Microbial Genomics上。中国科学院昆明动物所Adeniyi C. Adeola副研究员、尼日利亚国家兽医研究所首席兽医研究官Pam D. Luka博士、姜香香（与安徽师范大学联合培养硕士生，已毕业）、蔡正飞（与云南大学联合培养博士生）、尼日利亚奥巴费米·亚沃洛沃大学Olufunke O. Oluwole博士为本文共同第一作者；彭旻晟研究员、张亚平研究员、李建波助理研究员为共同通讯作者。

该项工作得到国家重点研发计划、中国科学院中-非联合研究中心、中国科学院非洲猪瘟研究应急项目的资助。

论文链接：https://doi.org/10.1099/mgen.0.001069

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