自1921年在东非肯尼亚首次报道，非洲猪瘟病毒（African Swine Fever Virus, ASFV）感染导致的非洲猪瘟（African Swine Fever，ASF）在非洲长期流行，持续影响该地区的家猪产业。作为非洲主要的家猪生产国，尼日利亚长期饱受非洲猪瘟的肆虐，对持续增长人口的食品安全构成持续威胁。尼日利亚于1997年首次报道非洲猪瘟疫情，长期流行的是西非地区常见的基因型I型。然而，自2020年开始，尼日利亚来出现了基因型I型和II型毒株混合流行的情况，对非洲猪瘟疫情监测防控提出了新的挑战。

中国科学院中-非联合研究中心昆明动物研究所团队发挥对非合作优势，近年来持续围绕ASFV的基因组多样性和监测技术研发，打造中非合作研究平台。前期通过与尼日利亚国家兽医研究所合作，中非联合团队开发了针对低丰度病毒基因组的目标捕获测序技术（Microb Genom. 2023;9:mgen001069）。在此基础上，团队持续优化完善病毒基因组高通量测序平台技术，针对基因型I型和II型毒株混合流行模式不清以及潜在的重组风险，采用三代长读长和二代短读长测序结合，运用混合组装技术获取了2020至2024年在尼日利亚不同疫情爆发地区采集的ASFV高质量基因组序列（图1A）。

 图1. 新测序的尼日利亚ASFV来源信息和基因型划分结果

对病毒基因组序列的分析表明，近期尼日利亚ASFV属于I型和II型毒株；没有检出重组型毒株（图1B）。这些病毒序列和其他西非国家（如贝宁和加纳）的毒株关系密切，序列的分歧时间估算结果均早于尼日利亚当地疫情爆发和采样记录时间，提示这些新近采集的ASFV在尼日利亚的早期传播比流行病学报道更为隐秘（图2）。值得注意的是，尼日利亚的II型毒株源自一次东非II型毒株传入，且独立于向欧亚大陆的传播（图2B）。这些II型毒株在基因组序列上存在包括片段缺失在内的区别于欧亚II型毒株的基因组变异，其中的一些病毒基因（P1192R，B407L 和MGF 360–8L）检出正歧化选择（diversifying positive selection），暗示源自东非的II毒株在传入西非后出现了快速进化以适应西非宿主的遗传背景。更为重要的是，这一结果也表明，面对非洲地区ASFV丰富的多样性，对于非洲猪瘟的疫情监测以及疫苗研发，是亟需考虑的重要问题。

图2. 尼日利亚ASFV基因型I（A）和基因型II（B）基因组系统发育分析和分歧时间估算

该工作提升了尼日利亚国家兽医研究所在高通量测序实验和生物信息学数据分析方面的能力建设，为后续大规模开展ASFV研究奠定了坚实的基础。研究成果已于近期发表于国际学术期刊Microbial Genomics上。中国科学院昆明动物所硕士生Ganih S. Joel为本文第一作者。彭旻晟研究员、Adeniyi C. Adeola副研究员、张亚平研究员、尼日利亚国家兽医研究所助理主任Pam D. Luka为共同通讯作者。

该项工作得到中国科学院中-非联合研究中心、人社部国家外国专家项目、中国科学院国际交流计划（特岗专家）项目的资助。