生物多样性保护是中-非中心对非科研合作重点领域之一。

近十年来，中-非中心联合肯尼亚野生动物管理局（Kenya Wildlife Service），肯尼亚国家博物馆（National Museum of Kenya）在肯尼亚国家公园和自然保护区持续开展了系统的动植物保护研究。中肯双方科学家已联合开展野外科考30余次；来自中国科学院武汉植物园、中国科学院昆明动物所、中国科学院上海高等研究院、中国科学院植物研究所、中国科学院昆明植物研究所、中国科学院华南植物园等单位研究人员以及肯方专家学者共计400余人次参加科学考察。发表植物新种15个，出版《肯尼亚常见植物》《肯尼亚常见野生动物鉴赏》《非洲常见植物野外识别手册:肯尼亚山》《东非常见观赏乔灌木》等专著4部，同时中-非中心与肯尼亚国家博物馆联合启动的《肯尼亚植物志》编研正有序推进中。

自2013年来，中-非中心已通过中国政府奖学金、中国科学院大学奖学金、ANSO奖学金和“一带一路”奖学金等渠道，为非洲各国培养硕士博士研究生254名，其中生物多样性保护方向的研究生约150名。